Para modificar parámetros del php ini en nuestro dominio debemos loguearnos en plesk e ir a dominios > pinchamos en el dominio > configuración php:

Al acceder tendremos diferentes opciones para cambiar los valores, como el memory_limit, el execution_time, upload_max_filesize...:

Debemos cambiar el valor de los parámetros a lo que queramos y darle a aceptar, debajo tenemos también un recuadro blanco donde podemos agregar otros parámetros php y modificarlos (se encuentra en la misma imagen anterior pero abajo del todo):

En el ejemplo hemos puesto un valor de max_input_vars = 100000 como muchos otros se pueden poner, desde aquí se modifican múchos parámetros del php.ini sin necesidad de tener que hacerlo por consola.

Por último es importante comprobar que los cambios se han realizado correctamente y los valores que hemos puesto se han actualizado, para ello, en el mismo menú de configuración php que estamos y entramos al principio, hay una opción llamada Ver la página phpinfo(), debemos pinchar en ella y nos llevará a los valores configurados en el php ini del dominio:

Nos aparecerá esta pantalla o alguna parecida:

 Cuando entremos ahí, podemos ver todos los valores que hayamos condigurado, por ejemplo buscamos haciendo un cntrl + f en nuestro navegador para buscar el valor max_input_vars y ver si realmente coincide con lo que hemos configurado:

Y así podremos verlo pero con el valor que queramos.