WHM y cPanel son dos paneles distintos, procederemos a explicar cada uno de ellos:
WHM (Web Host Manager) es un panel de control, donde podemos dar de alta y gestionar distintas cuentas de alojamiento que generamos para nuestros sitios. WHM tiene el control de todas las cuentas de alojamiento que creemos, poder modificar sus caracterísiticas, usuarios, ...
cPanel es el panel de control de una cuenta en concreto. En este podemos crear cuentas de correo, cuentas FTP, administrar bases de datos, ...
Por así decirlo, WHM es el panel de control del servidor y contiene varios alojamientos de cuentas, y cada una de estas cuentas tiene un panel cPanel para ellas.